万历二十九年(1601年)三月，在大学士沈一贯的建议下，李成梁老树开花，以七十五岁高龄，再次出任辽东总兵一职，在辽东又镇守了八年。当他第二次出任辽东总指挥官时，为了彻底破坏掉明帝国与其他少数民族的联合可能，他实行暴力征伐。先是对泰宁部速把亥，然后是叶赫女真的清嘉奴、扬嘉奴。而这一时期，努尔哈赤已经统一了建州女真，正一步步蚕食海西女真，力量不断壮大起来。
万历三十四年底。当时，年逾八十即将退休的李成梁，突然上书皇帝，请求万历皇帝批准，准备主动放弃宽甸六堡及其周边的八百里国土。这件事情，对大明帝国和努尔哈赤双方都产生了极其重大而深远的影响，以至于不论当时还是后世，都有人将此举看成是李成梁和万历皇帝二人的"亡明之举"。
这六座堡垒分别是：孤山堡、宽甸、长奠、双堆儿、长岭、于散，位于今天的辽宁省宽甸、凤城、本溪境内。这些堡垒，向南为辽东卫所的前沿要塞，向西则可屏蔽辽沈腹心地带，向东与朝鲜遥遥相望，向北成为抗御蒙古骑兵的第一线。具有极高地战略价值。本来，这六座堡垒早就已经存在，后来，由于维护不善，在很大程度上失去了堡垒要塞地作用。三十多年前，李成梁极力主张修复整治这些堡垒，得到张居正地支持。于是，在作了一些规划和调整后。重新整治好了这些国防线上的要塞，环卫土地八百多里。随后，设粮仓、建学校、开关市，致使各地无地农民纷纷前来定居，最后竟多达六万多户，在捍卫祖国边疆上发挥了巨大作用。这也是李成梁当年地诸多功绩之一。
