此时，侯君集尚未有任何反迹，唐太宗似乎不相信。李靖早就对侯君集起了疑心，常派人暗中监视他。有一次探子来报说侯君集路过家门半天不进家，突然策马离开了。李靖得知后大惊，赶紧跑到唐太宗那里，告诉唐太宗说："侯君集行为反常，心事重重，到家了却不回家，恐怕不久将举兵谋反！"
果然没过多长时间，侯君集联合李承乾等人举兵反叛了朝廷，因为李靖的提前预判，反叛被及时镇压，唐太宗觉得侯君集有安定国家的大功，不想治侯君集的死罪，但群臣进谏说侯君集的罪天地难容。无奈将侯君集处死，临死前侯君集请求赦免自己的妻子和儿子，好为自己守丧。李世民同意后将其妻子儿子迁至岭南。
