其实关键还是战略目标的不同。诸葛亮的理想与战略目标，其实大家都知道，就是光复汉室。而魏国就是阻碍诸葛亮完成这个目标的主要障碍之一，所以诸葛亮火烧魏军一点心理障碍都没有，这是必然要搬开的绊脚石。
但火烧藤甲军不同，诸葛亮对于以孟获为首的南蛮军队，并不是把他们当做自己光复汉室必须要消灭的敌人。而且诸葛亮针对南蛮的政策实际上是招扶为主的，这从他七情孟获使得其归心就可以看出。
火烧藤甲兵可以说是在南蛮战役中诸葛亮出手最狠的一次，这不仅仅是打败敌人这么简单，而是赶尽杀绝，毕竟水火无情，一旦火烧起来，诸葛亮自己也控制不住。
对藤甲兵的毁灭性打击实际上是不符合诸葛亮针对南蛮的计划的，杀戮过多只会增加南蛮对于蜀国的仇恨，带来的只会与诸葛亮的战略相反，诸葛亮正是忧心如此，也受到了古代杀戮过多的不详的理论影响，才这么说。
多于诸葛亮来说，只要能够达成自己的目标，那么杀戮多少放火多少他都不在乎，但如果与他的战略目标并不相同，只是不得不放火的话，诸葛亮便认为这是违心的事情，必然会对自己造成影响。
