另一方面，清军在南疆的驻军规模过小，兵力经过增加后仍不足五千人，而当地的兵源又不堪大用。之前素勒坦沙擅自进攻博洛尔，清廷方面便有兴兵讨伐的意向，但乾隆却认为"南疆兵力不足，草率出击，以薄兵进剿，反找人藐视"。综合以上的因素，乾隆拒绝了巴达克山的请求。
然而，事情的发展却超出了乾隆的意料，乾隆三十三年(1768年)，阿富汗联合昆都士军队，裹挟大和卓之子萨木萨克，出兵讨伐巴达克山。
巴达克山扼守帕米尔高原交通要道，自古以来便是西域的战略屏障，更是清朝在中亚最重要、臣服最早、关系最密切的藩属之一，若被他国所灭，不仅南疆的安全形势大为恶化，而且必将对清朝在中亚的威信造成沉重打击。
帕米尔高原
