到了明成祖朱棣时期，明朝上下共有战舰3800余艘，其中战船、巡防船各1350艘。仅驻扎在南京新江口的战船就高达1050余艘。其中，适合远洋的郑和宝船就有250艘，除此之外，该地还存在大量的巡江执法船以及传令船。可以说，当时的明朝水师是整个人类历史中最为强大的舰队，郑和每逢下西洋都会令万邦来朝、四海宾服，将大明王朝的国威散播于海内外。 当西方在16世纪进行地理大发现，并展开掠夺时，中国的澳门便被葡萄牙殖民者强行占领，随后，明朝水师在珠江海口重创其葡萄牙舰队，使其不敢再犯，转而与中国互通友好。
到了明朝天启四年，明朝水师在澎湖湾之战中重创海上马车夫的荷兰舰队，并擒获荷兰舰队统领高文律，成功从其手中收复失地，既教训了桀骜不驯的西方侵略者，同时维护了国家主权完整。 16世纪末，日本发动了朝鲜战争，大明随即派军增援朝鲜军，其大明水师在露梁海战中重创日本舰队，一举使日本在随后的三百年时间里，再无实力进犯中国边疆。
