朱允炆当了五年皇帝，只有一位正妻，即皇后马氏，在朱棣大军攻入应天的时候，死于宫中大火，他的其它妃嫔未见于史书，即便有应该也是被朱棣诛杀或幽禁至死了。
朱允炆有两个儿子，太子朱文奎出生于1396年，建文元年被立为太子，靖难之役中与父亲一起"莫知所终"，有说死于宫中大火。
朱允炆另一个儿子朱文圭出生于1401年，应天被攻陷时才只有两岁，他和他的那些叔叔一样，被朱棣幽禁在凤阳，称"建庶人"。不过朱文圭比较能活，熬死了朱棣、朱高炽、朱瞻基三位皇帝，一直到明英宗朱祁镇被瓦剌释放回京，重夺大位之后，才被释放出来，允许娶妻生子，而这时候已经是1457年。在凤阳被关了54年的朱文圭，记事起就没出过关他的大院，据说出来后连牛马多不认识，之后不久就死了。
