可即便是这样，桓温也仍旧看不惯皇位让别人坐着，十分看不起司马昱，他认为司马昱为了活命，丝毫没有皇帝的威严，若不是他不能名正言顺地继承皇位，根本轮不上司马昱。
桓温不顺心，司马昱也不顺心，他做这个皇帝实在是太憋屈了，整天整夜担心自己会被桓温谋划，以至于有了心病，染上疾病之后更是一发不可收拾，自知活不了多久，可他死后朝政该由谁把握，仍然是他的心病。
所以他立下了遗诏，想着让桓温回来把持朝政，可桓温根本没有回朝，无奈司马昱也只能是将儿子司马曜封为太子，可司马曜也才十一岁，根本无法掌管大局，所以司马昱的想法还是希望桓温能够看在为国为民的份上，取代尚不懂事的太子。
司马昱纵使这样想着，可他也害怕自己的儿子会像自己这样不顺，日后若是桓温想要夺位了，那么司马曜一定会被谋害，可没有人掌握大局，东晋便会发生动乱，所以司马昱的内心想法很矛盾。
