但是，功劳越大，侯君集也就越来越膨胀，他认为自己无人能及，在攻灭高昌的时候，在未奏请李世民的情况将一些没有罪的人发配，又私自将高昌国宝物据为己有。手下将士们看到他这样，也有样学样，也开始盗取金银珠宝。于是，唐太宗后来也知道了。他班师回朝以后，唐太宗很生气，要将他治罪，后来中书郎岑文本以为侯君集是功臣大将，不能轻加屈辱，于是上书李世民请求将侯君集释放，于是唐太宗还是将他无罪释放了。
但是侯君集不仅不知道反省，反而觉得很不满，自己立下了汗马功劳，不就拿了一点金银珠宝嘛，至于这么折辱自己吗？他屡出怨言，后来干脆煽动太子李承乾起兵逼宫，不过这次谋反行动失败了。对于侯君集的造反，李世民也很意外，他感念侯君集立下的功劳，并不想处死他，但是群臣们都认为，不能开这个先例，毕竟侯君集犯的可是谋反的罪。所以李世民只能决定处死侯君集。
但即便如此，唐太宗李世民仍然觉得很对不起侯君集，侯君集临死前，求李世民放过自己的家人，他知道自己已经是罪无可赦，但是还是希望不要牵连自己的家人。这是侯君集临死前的遗愿，李世民念在他过往的功劳上，答应他："我会放过他们一命，还会赐给他们两位乳娘，并照顾他们的一生。"
得到了李世民的承诺，侯君集才安心的走上了黄泉路。
