公元644年，玄奘再次游历西域的时候，只见到且末古城，而城池中却没有任何人影，宛如一座被抛弃的鬼城。从这些痕迹上来看，且末古城应该被抛弃很长的时间了，不过为了严肃历史考证，史学家将公元644年定为且末古城王国的时间。
没有人的痕迹，且末古城从这以后就变成了一座神秘的"幽灵城"，没有人去修理和管理，任由它被漫天的黄沙覆盖，有时会显现出城池的一角，有时又被黄沙所埋没。那么，且末古城具体在什么位置呢？
《汉书》介绍，且末古城在鄯善国以西720里和精绝国以东2000里。根据汉朝的尺寸来看，这个距离大约处在罗布泊沙漠附近，但由于都是估算，所以还是无法确认其具体的位置，只能将这一数据作为参考。
自从且末古城在公元644年消失以后，由于后人没有考古的习惯，故不再有人记录它的存在，因此如何找到它已经非常难。
仅在1957年重现
1957年，中科院的考古学家和生物学家组成一支浩荡的考察队对西域的沙漠古城进行考察。无意间，考察队发现一座半埋藏于沙漠之中的古城，从其上面寻找到许多的木牍。根据木牍所表达的内容来看，且末古城很早就被鄯善国吞并，具体的年限未知。
当科考队决定对其进行深入的研究时，古城在一夜之间又被黄沙埋藏，不再找到其身影的存在。无奈之下，人们只能等到它再次出现。
根据且末县的当地人介绍，曾有5个珠宝商深入沙漠之中探险，计划要小出且末古城。幸运的是，他们还真是找到了它，不过还未来得及寻找宝藏，它又一次地被黄沙覆盖，5名商人也不知所踪。
