7月3日,段祺瑞在马厂成立讨逆军,任总司令,发布讨逆通电和讨逆军总司令布告。7日,段祺瑞大败辫子军,清帝被迫宣布退位,到了12日,张勋彻底战败,逃入荷兰使馆。仅12天的丁巳复辟彻底失败。段于7月14日回到北京,重任国务总理,冯国璋为代理大总统。段成为"再造共和"的"功臣"。 张勋复辟行动曾得到段祺瑞、冯国璋在内的北洋军阀的支持,可是张勋拥立溥仪复辟成功,受到国内外一致反对,这些军阀一看风头不对,马上转变立场,加入讨勋的斗争中。当北京政府发出张勋的通缉令。
张勋毫不在意,他密携一本包括四次徐州会议的记录,以及各地军阀支持复辟的 82 份函件,以此"复辟实录"为威胁,扬言要公布全国。段祺瑞和冯国璋害怕张勋把丑事揭露出来,故对张勋不作深究,一些原来积极支持复辟的军阀也纷纷电请宽大处理张勋。1918 年 10 月 30 日,徐世昌以大总统名义特赦张勋,张勋遂平安离开荷兰大使馆,寓居天津。 张勋复辟帝制之所以失败,在于辛亥革命使民主共和的观念深入人心,复辟这种倒行逆施的行为必然引起全国人民的反对,最终导致支持复辟的军阀成为反对者。这是张勋复辟失败的根本原因。