因为政绩不错，任期一满后，他就升职为御史，巡按辽东。巡按辽东时，恰巧辽东发生了军事哗变，他临危不乱，成功解决了这次军事哗变，辽东境内恢复平静。
随后曾铣被朝廷升职到大理寺丞，巡抚山东。做山东巡抚的时候，增筑临清新城，赈灾济民，兴办教育。
担任山东巡抚期间，曾铣也时常受命巡抚山西，并且在山西与俺答汗有过几次交手，取得了不错的效果。
正因为如此，嘉靖皇帝发现曾铣善于用兵，于是将其上调到兵部担任兵部侍郎。不久后，他又被委派总督陕西三边军务，目的是遏制俺答汗南犯，可谓深受皇帝信任。
曾铣果然不负众望，成为三边总制后，他积极备战，完善边备，多次打退蒙古骑兵的南下，并于嘉靖二十五年上疏--《请复河套疏》。
