第二、在玄武门之变中，秦琼功劳不如尉迟融。
秦琼虽然参与了玄武门之变，但他并不是骨干。玄武门九将（长孙无忌与尉迟敬德、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝）并没有秦琼。那是因为秦琼在建国初期，打仗勇猛无敌，冲锋在前，虽然屡立战功，但也伤痕累累。大概基于他身体的因素，故而在玄武门之变中没有突出的表现。而尉迟融不仅也战功赫赫，而且还拒绝了太子的收买。关键是他在玄武门之变立有大功，事前鼓动李世民，为李世民谋划。事中杀李元吉，太子、齐王军准备打秦王府时，他又将太子、齐王头抛出墙外化解危机。而且他还第一时间"保护"（控制）李渊。最重要一点尉迟融还不断另立新功，后来低调退隐。
第三、秦琼多病早亡还有怨言。
玄武门之变后，秦琼的旧伤复发，染病休养。休养期间，他常说自己历经战阵二百余次，伤痕累累，流血太多，所以自己才染病在床。638年，秦琼染病身亡。人走茶凉，更何况人死还有怨言呢？
第四、秦琼被演义夸大了
秦琼被后世的演义夸大了，所以给人一种排名靠后很不公平的感觉。其实玄武门九将中，大部分都没入选凌烟阁二十四臣，也算不错了。
