即位之初，为巩固皇权，朱棣对建文帝旧部进行大规模清洗，此时纪纲又发挥出他超卓的才能，秉承主子授意，对建文帝旧臣进行血腥残害和屠杀，"灭建文朝忠臣数十族，亲属被戮者数万人"。朱棣对这样的成果非常满意，为对其褒奖，擢升纪纲为锦衣卫掌卫事，这个职位是锦衣卫能够到达的最高级别，官居一品。至此，纪纲权势熏天，朝中大臣无人能及。
但随着宠幸的加深，纪纲越加胆大妄为，首先伪造诏书，让全国各地盐场主额外交纳盐税，中饱私囊；其次，利用自己掌握"司诏狱"的特权，对朝中反对的文武大臣进行打击戕害；对门阀钜贾进行敲诈勒索，"构陷大贾数十百家，罄其资乃已"。纪纲飞扬跋扈，处处为非作歹，有次看上一美貌道姑，欲购之时，却被阳武侯薛禄抢先买走，纪纲大怒；第二日在宫内遇见，上前用铁爪猛击薛禄头部，几乎让其脑裂而死，敢在皇宫内殴打朝廷高官，纪纲是多么嚣张，可从这里窥见一斑。
