后金政权建立之后，努尔哈赤一方面积极反抗明朝在辽东的统治，另一方面则利用蒙古分裂的局面，对其进行分化蚕食，科尔沁部、扎鲁特部先后通过联姻与后金建立联盟。库图克图汗看出后金的野心后，先后派兵收复右翼鄂尔多斯、喀喇沁、土默特等部，并与喀尔喀部却图汗结为联盟，一时间倒也稳住了局势。
皇太极
崇祯元年（1628年），兀良哈的苏布台、喀喇沁的达来台吉、土默特和布石图汗、鄂尔多斯的额仁沁济农以及永谢布、阿苏惕、阿巴嘎、喀尔喀等部为了摆脱库图克图汗，结成联盟公然与其对抗，并在召城一战中，消灭库图克图汗精锐四万余人，使得蒙古可汗实力大为削弱。
此战之后，土默特、喀喇沁、兀良哈等部为了避免库图克图汗的报复，就此倒向后金。此举直接导致库图克图汗就此陷入孤立无援的境地，面对后金和蒙古各部联军的多次进攻，他只能被迫退出西拉木伦河流域，迁至归化城（今呼和浩特）固守。
