洪武二十一年（1388年），名将蓝玉率十五万大军在捕鱼儿海大败脱古思帖木儿，脱古思帖木儿与儿子天保奴和丞相失烈门等人也被部将所杀，黄金家族就此彻底丧失了在蒙古人心目中至高无上的地位，此后大多数蒙古部落开始脱离统治。
此后，蒙古分裂为鞑靼和瓦剌两部，黄金家族后裔孛儿只斤·本雅失里虽是鞑靼可汗，但大权却掌握在太师阿鲁台手中。瓦剌作为黄金家族的姻亲，其统治着蒙古草原西部地区，与东部的鞑靼争斗不休，但却相对处于劣势。
朱棣五次北伐后瓦剌趁机崛起
为了解决北元威胁，朱棣从永乐八年（1410年）开始，先后五次率兵亲征，直接重挫实力强大的鞑靼。到了仁宣年间，由于连续出兵自身损耗过大，明朝开始从战略进攻转入战略防守，而瓦剌则趁着明朝战略收缩，鞑靼遭受重创的机会趁机崛起。
正统十四年（1449年），瓦剌太师也先南侵制造"土木堡之变"，俘虏明英宗朱祁镇，明朝遭遇立国以来最大危局，然而由于此时明朝正处于巅峰，也先在北京保卫战中受挫后，被迫与明廷议和，而这也成为了元朝败退之后对明朝造成的唯一一次重大威胁。
