因为这两场战役，侯君集渐渐变得自高自大，忘乎所以了。当时因为侯君集的一些做法惹得太宗很不高兴，比如抹掉班超的纪功碑来记录自己的功绩，在攻破高昌国的时候带头破坏军纪等事情，他和太宗就心生嫌隙，最后加入了太子李承乾的麾下。
后来太子李承乾东窗事发后，作为李承乾阴谋集团一员的侯君集，他谋反的事已经坐实了。当时太宗在朝堂上谈起侯君集还说此人是有功劳的，但现在闹出这事，他想再给侯君集一次机会，不知道大家有什么看法。
此话一出，大臣们纷纷表示侯君集罪不可赦，此时，就连曾经替他说过好话的岑文本也无话可说了。魏徵在世时还曾举荐过侯君集，但此时他已经撒手西去。没有一个人替他求情，这就是侯君集最后的悲哀所在。
