此后，明朝也曾多次出兵北击蒙古，并取得了不错的战绩，但却始终无法将对手彻底消灭，北部边患问题成了大明王朝一块无法解决的心病。
为加强北部的防务，明朝在东起鸭绿江，西抵嘉峪关，绵亘万里的北部边防线上设立了九大军事重镇，也就是赫赫有名的明朝九边，由东往西依次为辽东镇、蓟州镇、宣府镇、大同镇、山西镇（太原镇）、延绥镇（榆林镇）、固原镇（陕西镇），宁夏镇，甘肃镇。九边重镇的总兵力在明朝各时期变化较大，其中永乐年间约为68万人，后来兵力人数一直在40万到90万之间，其中万历四十八年的时候兵力人数最多，达到了88.5万人。明末崇祯皇帝时期，兵力为59万人。
辽东镇东起凤凰城（今凤城市），西至山海关，全长970余公里。辽东镇的城防体系分为镇城、路城、卫城、所城和堡城五级。镇城有两座，分别是辽阳城和广宁城。镇城下设东、南、西、北、中五路屯兵城，就是路城。各路城分管二十五卫，每卫满额编制是5600人，有些卫单独建立了防御性的卫城，如著名的宁远卫城。卫下计有127所，所依托的城为所城，其规模较小。最低一级的是堡城，也称台堡，有107座。
九边重镇的城防体系大体类似，所以其他军镇的城防情况参照辽东镇即可，下文中不再重复介绍。
