说到后方的管理方面，马秀英是大做文章！首先，是对前方将士家眷的管理，不仅用花名册做记录，同时还将将士和家眷的生日、喜好做了很详细的记录，以便以在适当的时候做出适当的安排，比如生日时的一些体恤金的发放等等；其次，是对将士遗孀的管理，很严厉的向朱元璋提出了将士遗孀可以改嫁的办法，这样的确起到了很正面的效果。朱元璋登基后，马秀英被册封为了皇后，她所主持的后宫也是井然有序，她用自己的人品和行为让所有的嫔妃折服，她以身作则，平时为人谦和而且生活也非常的朴素，粗茶淡饭是日常的生活，还亲自带领公主、嫔妃刺绣和纺织。
说到选人和用人方面，每到关键时刻，马秀英用人的思路都让朱元璋眼睛一亮，对于徐达、汤和、李善长、刘伯温等等人员的点将，马秀英确实有她的一套，因为她对这些人的性格了如指掌，知道能将他们放到什么位置上比较合适。当然，马秀英在请刘伯温出山方面也起到了关键性的作用。洪武后期，因为"淮西勋贵"的各种问题出来了，对于这些骄兵悍将朱元璋使出了铁腕手段，该杀的杀、该贬的贬，就连他的女婿都没有被饶恕，最终死在了天子剑下。杨宪案、胡惟庸案牵连出了不少的人，以朱元璋的性格，最终杀了不少的文武官员，屠戮功臣宿将，马皇后总是婉言规劝，使朱元璋有所节制。
