公元1668年，淮河流域发了大水，淹没了很多的良田，康熙派纳兰明珠去治理水患，他很珍惜这次机会，经过一段时间的治理，水患问题得到了有效改善，康熙因此提拔他为都察院左都御史。当时吴三桂、尚可喜和耿精忠三人手握重兵，在各自的属地做着名副其实的土皇帝，深深威胁着清朝的稳定。康熙想撤藩又担心这帮人合伙造反，后来因为尚可喜和吴三桂政见不一闹了矛盾主动要求撤藩。
吴三桂和耿精忠也是人精，得知此事以后怕皇帝怀疑他们的忠心，也说同意撤藩。其实康熙皇帝比谁都清楚，这几个人表面上说愿意接受撤藩，实际上是在试探清廷对他们的态度，如果康熙命令撤藩，他们造反的可能性很大，清朝自建立以来就一直在平定内外，长期征战缺乏修养生息，如果这时候三藩造反，于清朝很不利。康熙找来明珠和索额图商量此事，明珠赞成撤藩，而索额图一直看不上明珠对于他的意见肯定是反对的。
在明珠的支持和策略下康熙同意撤藩，结果三藩果然起兵造反，索额图对此得意洋洋，在康熙面前诋毁明珠，说这全是明珠之错，康熙不满索额图的态度，对明珠愈发的器重。后来还让他掌管吏部加封太子太师，在清廷已是一人之下万人之上，明珠仗着皇帝的宠信忘乎所以私底下结党营私贪污受贿，连太子忌他三分。康熙了解到他的所作所为打算除掉他，刚好就有大臣看不惯明珠出来弹劾他。
