康熙御驾亲征 而这时候，准噶尔后院又起火了。当初，噶尔丹的兄长僧格被杀的时候，僧格的几个儿子尚在幼年，噶尔丹得以夺取大权，但是在法理上僧格的儿子才是准噶尔部真正的继承人。随着僧格的儿子逐渐长大，对叔父噶尔丹越来越不满，而且僧格的儿子策妄阿拉布坦也是一个强人，就在噶尔丹出击喀尔喀蒙古时，策妄阿拉布坦发动了政变，控制了新疆地区，夺取了大汗之位。噶尔丹后方被断，他的几万人马只能在漠南蒙古游荡，靠劫掠驼马牛羊维持。但是噶尔丹认为，侄子策妄阿拉布坦不足为虑，只要能打败清军，在漠南站稳脚，重新夺回汗位易如反掌，而且沙俄也向他许下空口承诺，愿意出兵帮助噶尔丹攻击其他蒙古部族。在这种情况下，噶尔丹最终做出了错误的决定，继续孤兵深入，摆出与清军决战的架式。 乌兰布通之战 康熙二十九年（1690年）六月，康熙发兵10万，分两路出击，左路军出古北口（今河北滦平南），右路军出喜峰口（今河北宽城西南），从左右两翼迂回北进，消灭噶尔丹军于乌珠穆沁地区。但是右路军刚出长城，北进至乌珠穆沁境就遭遇噶尔丹军，初战失利，被迫南撤。康熙急忙令右路军停止南撤，与左路军会合，合击噶尔丹于乌兰布通，并派兵一部进驻归化城（今内蒙古呼和浩特），伺机侧击噶尔丹归路。 噶尔丹故技重施，将万余骆驼缚蹄卧地，背负木箱，蒙以湿毡，摆成一条如同城栅的防线，谓之"驼城"，令士兵于驼城之内，依托箱垛放枪射箭，清军则以火器部队在前，步骑兵在后，同噶尔丹对阵。由于清军兵力占绝对优势，在清军火炮的猛烈攻击下，噶尔丹的驼阵被轰断，清军骑兵趁机从正面发起冲击，噶尔丹大败，仅剩数千人狼狈逃回科布多（今蒙古吉尔噶朗图）。
