在西部边疆平定党项人的过程中，秦翰注意到当地防御疏散，缺乏屏障。在朝廷的批准后，准备在重要据点开凿深壕。由于当地长期受到党项人侵扰，百姓生活艰难，为了不使百姓延误农时，增加负担，秦翰没有征调民夫，而是带领军队利用空闲时间历时数年完成，合计用工三十万。
由于党项李继迁时常反覆，对宋朝西部边境造成了很大的压力。在此期间，秦翰多次奉命和李继迁谈判，取得了对方好感，因此他向太宗建议自己孤家寡人没有负担，为了报效君主，愿意乘谈判其无备之机，"手刺此贼，死无所恨！"太宗深嘉其忠勇，但不许所请。
因为秦翰长期在边疆，尽心竭力，真宗特地为他设皇城使、入内都知这一职位来显示特别的宠信。秦翰屡次上表辞让，真宗没有听从。
