1001年，辽军又一次大举南下，秦翰与后世赫赫有名的杨延朗（杨六郎）做为前锋，抵抗辽军。十一月，辽军进至威虏军。杨延朗先轻骑驻扎羊山，拦击敌军，但是由于兵力单薄，反而为敌所困。秦翰见机驰援，与辽军展开血战。等辽军渐渐力不能支时，秦翰紧追不舍，趁势猛攻，在杨延朗的配合下，大败辽军，斩首两万余级，包括其大王统军铁林相公以下名王、将军十五名，缴获敌羽林军大印两枚，以及许多战马和军用物资，辽军"余众奔北，号勃满野"，凭此一战彻底打消了辽军南下的企图。
在平定蜀中王均之谋反战役中，秦翰亲自督率军队攻击，身上中箭仍不退却，五战五捷，于是攻克了益州，受到真宗亲写诏书嘉奖慰劳。
太宗时候，西边党项李继捧谋反，朝廷征调秦翰随军讨伐。在大军到达之前，秦翰担心惊动了李继捧，让其逃脱。于是孤身赶往敌营，假称带了皇帝诏书前来招抚，成功的麻痹了叛军。等大军到后，拉拢住了李继捧的秦翰又劝他尽地主之谊前往迎接，二人并马出城，于是兵不血刃的将李继捧擒下，一举平定叛乱。
1004年，辽国在萧太后和辽圣宗的带领下，发动了规模空前的南侵，一路打到澶州。已被视为朝廷砥柱的秦翰被真宗派往澶州和魏府主持军事，特许其便宜行事。秦翰上任伊始，就马不停蹄地率兵整修防御工事，七十多天不卸衣甲。在秦翰的部署下，宋军不仅抵御住了辽军的进攻，更设伏一举射杀辽先锋、统军使萧挞凛亲自督战。萧挞凛是辽国名将，号称"战神"，以生擒宋朝大将杨业而声动两国。他的阵亡，让辽军士气受到很大影响，直接促成了"澶渊之盟"的订立。
