从龙湾之战到救援安丰，朱元璋想到的，他也想到了，朱元璋没有想到的，他还是想到了。换了你是皇帝，会容许这样的一个人在身边吗？而且这些决策并非安民之策，而是权谋之策，搞阴谋政变十分有用，外加刘基厚黑学的根底也很深，朱元璋时不时就会想起他劝自己不要去救韩林儿这件事。谁知他将来会不会对自己也来这么一手。不杀他已经不错了，难道还想要封赏吗？刘基一生聪明，但也疏忽了这一点。这也就决定了他在这场斗争中很难成为胜利者。
引发矛盾的导火线是一个叫李彬的人，是李善长的亲信，他由于犯法被刘基抓了起来，查清罪行后，刘基决定要杀掉他。此时正好朱元璋外出，李善长连忙去找刘基说情，刘基却软硬不吃，还将这件事向朱元璋报告。朱元璋大怒，命令立刻处死李彬。不巧，这份回复恰巧落在了李善长手里，他不敢隐瞒，但也怒不可遏。为了救自己的亲信一命，他想了一个借口，他相信只要讲出这个借口，刘基是不会拒绝他的求情要求的。
他找到刘基，对他说："京城有很久不下雨了，先生熟知天文，此时不应妄杀人吧。"李善长可谓老奸巨猾，他明知刘基深通天文之道，以此为借口，如刘基坚持要杀李彬，大可将天不下雨的责任推到刘基的身上，当时又没有天气预报，鬼知道什么时候下雨。然而刘基的回答是："杀李彬，天必雨！"
李彬就这样被杀掉了。李善长被激怒了，等到朱元璋一回来，李善长积聚已久的能量爆发了出来，他煽动很多人攻击刘基。朱元璋是个明白人，并没有难为刘基。但刘基自己知道，这里是呆不下去了，于是在当年八月，他请假回了老家。临走前，正值当时朱元璋头脑发热，想把首都建在老家安徽凤阳，同时还积极准备远征北元。刘基给了朱元璋最后的建议，建都凤阳是绝对不行的，而北元还有很强的实力，轻易出兵是不妥当的。后来的事实证明，他又对了。
朱元璋这次可真是被刘基给蒙了，刘基并不是什么善男信女，他在临走之前已经布下了自己的棋子杨宪。杨宪是刘基的死党，他得到了刘基的指示，接任御史中丞，准备对淮西集团的反攻。
