对于被贬，叶梦熊并不气恼，依然兢兢业业地做事，即使是个小小的县丞，他也干得有声有色。之后，叶梦熊先后到河南、安徽、江西、云南等地担任地方官，都表现非凡，颇有作为。
叶梦熊虽然是个文官，却一直渴望能在战场上有一番作为。文科出身的他不仅富有谋略，而且还发明了能远程攻击的火器''叶公神铳''，使得明朝军队的战斗力大大提高，军威大振。也是因为这件事，使得万历皇帝注意到了叶梦熊的军事才能。
万历十四年（1586年），朝廷考察官员，叶梦熊当之无愧地被评为''廉能第一''。之后的几年里，叶梦熊接连晋升。在巡抚甘肃、陕西等地时，因叶梦熊治军有道，且擅长利用火器，使得敌虏大败而去。
万历二十年（1562年），对于已经62岁的叶梦熊来说是至关重要的一年。那年二月，蒙古人哱拜杀害宁夏巡抚党馨，起兵反叛，图谋在宁夏建立割据政权。朝廷虽发军迎击，但战事却毫无进展。四月，万历皇帝要求百官献策，但大臣们都畏惧强敌，只有叶梦熊主动请缨，请求带兵赴前线杀敌，万历皇帝欣赏叶梦熊的勇气，准许了。
