后来随着朱元璋的年老，太子朱标性格软弱，朱元璋担心在其死后朱氏子孙是否能在权贵功勋的威胁下坐稳江山，而有屠杀功臣之举，如李善长案。
洪武二十五年，太子朱标去世，其子朱允炆被立为皇太孙。朱允炆当时只有十六岁，且久中宫围之中，性格较其父更为"仁柔"，白发人送黑发人的朱元璋不得不将屠刀挥向那些残余的功臣们，蓝玉、冯胜、傅友德...经过一番屠杀以后，功臣中只有耿炳文和郭英两人硕果仅存。
郭英之所以不死，是因为郭英一直对朱元璋忠心耿耿，早年一直担任朱元璋的亲兵，他的妹妹又嫁给了朱元璋，后来被封为宁妃，亲信加上外戚的双重身份，令朱元璋实在不忍下手。
而耿柄文逃过一劫的原因则较为简单，因为他的军事才能偏向于防守，曾为朱元璋镇守长兴十年。留下耿柄文，相当于是给朱家的铁桶江山再留了一个后手，一旦有外敌入侵，耿柄文可守。
