可以说，刘裕是孙恩碰到的最难对付的死对头，后来孙退居海上后又多次从海上卷土重来，但都被刘裕击退。402年，在刘裕的穷追不舍之下，走投无路的孙恩带着他数百名的妻妾和侍从投海自尽。公元403年朝中又发生桓玄叛变，也是多得益于刘裕的文韬武略才得以平息。刘裕表现出了过人的军事才能，他不仅披坚执锐，冲锋陷阵，勇猛过人，而且富有谋略，指挥的战争往往能够以少胜多。再之后，晋安帝复位，他掌管着朝政，不仅扫除了南方各割据势力，还灭了北方南燕、后秦等政权，收复河南、山东及关中等地，光复长安和洛阳古都，武力所至，所向披靡。
公元420年，刘裕终于代晋自立，建立起东晋南朝时期管理疆域最大的的一个王朝--刘宋，这个昔日罹尽苦难的草根终成一代帝王。
