内阁制度的最大优点是制约了皇权的随意性，使之更趋于统治的现实性。能够入值内阁的都是学问和能力并重的拔尖人才，有担当丶有作为。所以在当时尽管出了个明武宗这样的胡闹皇帝，天下依旧太平无事。
到了万历继位后，由于年仅IO岁，其师内阁首辅张居正代为理政。这个时期内阁的作用完全发挥了出来，所以张居正的一条鞭法很快得以贯彻落实，并收到成效，开创了明代的万历中兴。
其次，是个人的原因。再好制度是人创立的，人既可以创立它，也可以废弃它。常有人说明朝多奇葩皇帝。奇葩不等于智商低，脑子不好使。奇葩用现代的话说，接近于不按套路出牌的意思，或人着调的意思。自古聪明不过帝王家。三十来年不上朝，而国家机器照常运转足以证明万历不是个二货。
一丶万历的驭人之术。他把锦衣卫和东厂的能量完全释放了出来，为我所用。厂卫是独立于六部之外，直接听命于皇帝的特务组织，职责就是监视内阁、六部、群臣。而管理特务组织的正是内臣一太监。所以说，大臣们的一言一行一举一动，他大都知道。这对于他如何摆布政局，提供便利条件。具体说，这人该干什么，那人能做什么，自然门清。
二、国绕立太子的国本之争。内阁坚持己见，立皇长子朱常洛，不让步。但万历丝毫没有妥协，不折不扣和群臣斗智，许多大臣因之被斥、被贬、被杖打。尽管持继闹了14年之长，虽然结局是不欢而散，但皇权却得到了进一步加强。在万历晚期，内阁的作用是被削弱了。中央六部及下属衙门和地方府县长期缺额，但没有万历的命令，依然不能得到补充，由此可见，万历掌控朝局能力非同一般。
