据史书记载，战斗过程极其惨烈，李自成的部队死伤数万人。即使后来攻占首都，也有很多人残废。相比激烈的战局，周瑜基的经历更加惨烈。据官方记载，由于武器和人数的落后，宁武关的守城战争并不顺利，城墙在对方的炮火下很快被攻破。后来明军以顽强的意志修城墙，可惜弹药耗尽。
但是，周瑜基并没有放弃抵抗。他带着士兵上街作战，亲手杀死了几十个敌人，最后被几支箭射中。李自成很生周瑜的气，命令手下把周瑜吊死枪毙，并把他的尸体剖开。这座城市被攻破后，宁武关人民钦佩周瑜基的忠诚。他们自发拿起武器，与李自成作战。最终，宁武关全军覆没，惨遭屠戮。
然而，奇怪的是，宁武关的民间传说与官方历史上记录的有很大不同。他们认为周瑜基的结局是城市被占领，也就是周瑜基跑到李自成的城门前互相怒骂，然后被李自成杀死。这个谣言听起来可信度很低。周瑜是雍魏莹的将军，被崇祯皇帝重用。他怎么能做出如此鲁莽的举动？
但经历过宁武战争的士兵回忆说，周瑜基确实是自己来找李自成的，并扬言要斩杀李自成，但又补充说，这是他自己的主意，与兵民无关。李自成听后，并不生气。反而向周瑜基投降，最后未能投降就被杀。然而，周瑜基的尸体就埋在东门不远处。
后来，来自一批的考古学家来到现场进行调查。经过科学鉴定，发现遗骸属于周瑜基。根据头骨上的疤痕可以看出，上面有一个13厘米的刀痕，枕骨被完全切除。可以断定，周瑜基是被斩首而死的。
