傅善祥在官期间，被天王破格任命为丞相一职，辅佐东王处理各类政事，帮助东王制定了一系列新政之策，尤其是解放妇女，提倡男女平等的前卫思想，为后世树立了典范，同时还主张废除了封建社会中的一些陋习，加上其远见卓识，为天平天国前期的稳定和发展做出了重大贡献，所以一度被称"武有洪宣娇，文有傅善祥"，可见傅善祥当时在天平天国的地位，但好景不长，东王杨秀清野心膨胀，天平天国领导内部矛盾激化，相互厮杀，最终东王被杀，傅善祥去向成谜。
后人相传四种结局，一是在东方府被清洗时，在乱军中被杀害，抛入江河之中，一代才女自此陨落。二是傅善祥在东王府清洗中侥幸逃脱，后与翼王和其他势力联合并攻打北王府为杨秀清报仇。三是被韦昌辉抓住关了大牢，后被洪宣娇救出，然后嫁于年轻的慕王谭绍光，但是因谭被部下所害，最后郁郁而终。四是傅善祥与在东王府里的文官何震川相互爱慕，在东王府被清洗时，他们两个逃了出去，后天平天国失败，两人从此隐姓埋名，住在上海的小弄堂里，没有人认识他们，不知道他们是谁，所以，这位历史唯一的女状元最后结局如何，就留给后人评说了。
