顺便将其建立的据点全部焚毁，使得雅克萨成为一座孤城，这是清廷真正开始动手的前兆。康熙二十四年（1685 年）正月二十三日，都统彭春赶赴瑷珲，四月带着大军出征。这便是历史上有名的雅克萨之战，沙俄自然也不甘心，双方拉扯之下一直打到了康熙二十八年（1689年） 七月二十四日。
尼布楚条约便是这一战后所签订的，其中规定外兴安岭至海格尔必齐河和额尔古纳河为东段边界，黑龙江以北，外兴安岭以南和乌苏里江以东地区（包括库页岛）都是清朝领土。签订的时候，康熙和当时的沙皇都比较满意，认为算是平等的解决了。可在学界和百姓心中却不一样，沙俄气愤不已，清廷也视为国耻。
闻一多在七子之歌的诗序中写了这么一段话：吾国自尼布楚条约迄旅大之租让，先后丧失之土地……盖有甚于《邶风》之七子……他们认为不平等在于领土问题上作出了让步，这让步范围，也就是尼布楚地区。沙俄、苏联的部分人又认为，尼布楚对俄国不平等，纳罗奇尼茨基就曾说它令阿穆尔地区被从俄国分割出去。
在他们看来相关区域的民族住民是自愿加入沙俄的，协议签订后，却成了非自愿。不管如何，这个条约的签订都令东北得到了较长久的安宁，然而沙俄对此却始终耿耿于怀。从来都没有放弃过侵占的野心，叶卡捷琳娜二世甚至公然将夺取黑龙江作为俄国远东政策的中心，遗憾的是康熙的子孙败家。
1858年（咸丰八年）的《瑷珲条约》和1860年（咸丰十年）的《北京条约》最终取代了尼布楚条约，边界再次改变，雅克萨还是被俄罗斯纳入囊中了。
参考资料：《尼布楚条约》、《清史稿》
