崇祯自缢后骆养性转而投降于李自成，但李自成并没有善待他，在"追饷"时严刑拷打骆养性，逼其吐出三万两白银。李自成在一片石战役失败后慌忙西安，摄政王多尔衮率清军进入京师，骆养性便投降了清军。
清军入关定居京城后并没有离开废除锦衣卫，但锦衣卫的权利被瓦解，之后为銮仪卫，京城的锦衣卫消失于顺治二年。锦衣卫这项制度的真正灭亡是在十七年后，也就是永历帝被害的前一年，南明锦衣卫指挥使马吉翔跟随永历帝朱由榔"西狩"缅甸，时任缅甸王莽白诓骗永历帝和官员共同前往咒水盟誓，朱由榔派遣黔国公沐天波和大学士文安侯马吉翔率官员前往共同吃咒水盟誓，结果被缅军包围后杀害。
虽然马吉翔此人在历史上名声不好，留下一个贪财溜须的恶名，主要被指责的便是屡次把毫无主见的永历帝往火坑里带，甚至为了自身利益阻碍李定国接永历帝回国，但对待永历帝也算是忠心并没有投降或出卖永历，最后死的时候也不算窝囊。
自此，锦衣卫彻底退出历史的舞台。
