皇太极与祖大寿的第二次“过招”，是在天聪元年（1627年）“宁锦之战”的时候。
皇太极先是率兵包围由总兵赵率教镇守的锦州，在劝降不成、强攻又不可的情况下，进而挥师攻打由时任辽东巡抚袁崇焕坐镇守卫的宁远城。
然而，令皇太极没有想到的是，袁崇焕一改此前一年“宁远之战”时，“凭坚城、用大炮”基本方略，而是让总兵满桂、孙祖寿，副将祖大寿、尤世威、许定国等人，直接在城外列阵，与后金军队展开“野战”。
皇太极认为以“野战之兵”必能大破明军，于是不顾其他三大贝勒的反对，亲率一众小贝勒就冲向了明军，结果被打得大败，损失极为惨重，济尔哈朗、萨哈廉、瓦克达也皆身负重伤，皇太极只能无奈撤退。
随后皇太极领兵回师又攻锦州，依旧是无功而返，明朝这面也就此取得了“宁锦大捷”，“关宁铁骑”也成为了皇太极“噩梦”般的存在。
皇太极与祖大寿的第三次以及第四次“过招”，是在天聪三年（1629年）“己巳之变”的时候。
这一次，皇太极亲率八旗主力，在蒙古部落的带领下，绕过由袁崇焕镇守的关宁锦防线，从龙井关、大安口破关而入，一路烧杀抢掠，最后将北京城团团包围。而袁崇焕赶忙率总兵祖大寿、副将何可纲等人领关宁军疾驰入关，挥师勤王。
后金军队从德胜门与广渠门同时进攻北京城。守卫德胜门的满桂、侯世禄被击溃，大败而归，满桂还被城上火炮所误伤。反观广渠门外，袁崇焕亲自上阵，带领祖大寿、王承胤等人成功抵挡后金军队的进攻，取得“广渠门之战”的胜利。随后袁崇焕、祖大寿等人又在左安门与后金军队的对峙中占据优势。“京门三战”中的两场胜仗，使得京城之危稍纾，同时也极大的鼓舞了明军的士气。
