在瓦剌兵临城下之际，于谦被任命为兵部尚书，提督各营军马，可以说当时天下的兵权都在于谦一人手中，所有的军队调动命令，全部由于谦一人做主。为了京城防务，于谦还改革了兵制，设置了十二团营，直到嘉靖年间才废除。
大战一触即发，于谦命陶瑾、硃瑛、石亨、孙镗等将领，分列城外迎敌，于谦还发布死令：
"阵将不顾军先退者，斩其将。军不顾将先退者，后队斩前队。"
在于谦的英明指挥下，在将士们英勇奋战下，北京城得以保全。
当时的于谦已经是一人之下万人之上，因为是战时，一切以效率优先，而战后于谦仍是军队的掌控者。徐有贞团伙又是带兵入城，又是撺掇太后，这么大的动静难道于谦会不知道吗，可想而知，于谦对此也是睁一只眼闭一只眼。
