而等到溥仪上位之后，宫人在大殿里面搬出了数百万件档案，少部分被运入文华殿保存，其余的则被装载在了上万个麻袋当中，计划用于纸浆卖掉。
当时著名的考古学家罗振玉，不忍心就这样丧失掉了宝贵的记录，在朝廷担任学部参事的他，请求张之洞出面，这才堪堪保住了资料，让它们继续放在内阁大库当中。
随着清廷的轰然倒塌，接下来的北洋，接管了大库，并且在1913年成立了历史博物馆进行收藏，然而让人感到叹息的是，在此期间，这些档案并没有引起重视，看管保护措施不严，经常有人偷偷盗走档案贩卖，而当时教育部的财政吃紧，为了筹集更多的经费，工作人员竟然将8000袋档案，将近15万斤的书籍，打包当做废纸，以4000大洋的价格，出售给了纸店制作浆。
