窦氏外戚掌权期间，上下勾结，专权放纵，报复打击，为所欲为，引起了一些正直朝臣的不满，他们不断上书进谏，有时甚至以死抗争，仅据《资治通鉴》统计，短短的近五年时间，大臣就针对各种问题上书十五六次。
当时，窦宪兄弟掌握大权，刘肇与内外臣僚无法亲身接近，一同相处的只有宦官而已，刘肇认为朝中大小官员无不依附窦宪，只有身边的宦官可以依靠，于是与同宦官密谋，决定杀掉窦宪。
永元四年（92年）六月二十三，刘肇临幸北宫，下诏命令执金吾和北军五校尉领兵备战，关闭城门，逮捕窦氏党羽，将他们全部送往监狱处死。并收回窦宪的大将军印信绶带，将他改封为冠军侯，同窦笃、窦景、窦瑰一并前往各自的封国，窦宪、窦笃、窦景到达封国以后，全都被强迫命令自杀。
康熙帝16岁智擒鳌拜，引为千古美谈，而刘肇不到14岁，就诛杀了一代权臣窦宪，而窦宪灭北匈奴，手握重兵，兄弟、亲信控制朝政，实力、威望更胜鳌拜，从这一点来看，刘肇比康熙皇帝还要厉害。
