第三，最后要说的就是万历皇帝和朝廷持续长达15年的"国本之争"。万历九年，皇帝一时兴起，宠幸了李太后宫中的一位宫女。十个月后，宫女生下一男孩，就是后来的明光宗朱常洛。虽然这位宫女生下了皇子，但是万历皇帝并不喜欢这个宫女，也没打算册封她，最后在太后的施压下不得不册封她为恭妃。在后宫中，万历皇帝最喜欢的是郑贵妃，不光是因为郑贵妃漂亮动人，更重要的是郑贵妃的可爱。她像寻常百姓家的小媳妇一样，有时候讽刺挖苦自己的丈夫，有时候静下来倾听丈夫的牢骚，这些都让万历皇帝觉得既轻松又新鲜。后来郑贵妃生下一男孩--朱常洵，万历皇帝龙颜大悦。最喜爱的贵妃生下的孩子总是最得皇帝宠爱的，万历皇帝心中开始有了想立朱常洵为太子的想法。
后来，万历皇帝把想立朱常洵为太子的誓言放在了玉盒里，交给郑贵妃。朝中大臣知道后，极力反对，立长子为储君的奏疏像雪花片一样飞到皇帝手中，令他难以招架，国本之争进入白热化阶段。太后知道后质问皇帝为什么不立长子，万历回答道："朱常洛是宫女生的儿子，立太子不合适。"太后大骂道："你不也是宫女的儿子吗？"早年太后也只是裕王府的一个宫人，万历皇帝吓得伏地不起，连忙道歉。于是，他想了一招拖延计，说王皇后还年轻，以后会有嫡子出生的。
越是拖延越是意图明显，朝中大臣依旧不依不饶地给皇帝上奏章，请求皇帝立长不立幼。看着朝中大臣一致跟自己作对，万历皇帝竟赌气不上朝，这在各朝各代都是闻所未闻的奇闻。表面上看，国本之争只是立储的问题，更深层次的原因是士大夫群体想要限制皇权专职极端化，简单来说就是政治传统要大于皇帝个人意愿，皇帝也不能任性。在这种制约下，万历皇帝过得也很憋屈，身边没有亲信和支持者，做事又被这群大臣限制，过得很不痛快。索性不上朝，让满朝文武自己管理朝政。
直到万历二十九年，已经四十的万历皇帝不得不立太子。当郑贵妃把玉盒拿出来要万历皇帝兑现诺言时，发现纸条上的"常洵"二字被虫子吃掉了。万历皇帝一看这种情况，就认为是天意不可违抗，立长子朱常洛为太子，立朱常洵为福王。
虽然最后文官集团取得了胜利，但是大明王朝却也从万历皇帝不上朝开始走向了深渊。当国家处于无政府状态，市场就出现了高度自由化，经济发展到最后就出现了资本主义萌芽。可怕的是大量地主开始侵占土地，小民纷纷破产，土地兼并加速。富者更富，穷者更穷，贫富差距扩大，社会矛盾激增，直接加速了明朝的灭亡。万历皇帝不上朝，确实有失君子气度，但是朝中大臣不为皇帝分忧解难、沽名钓誉，却也没有尽到臣子的本分。
