不过，这支队伍在镇守宁国的时候，就被朱元璋攻下，朱亮祖成为了俘虏。朱元璋爱惜他的勇武，收降了他，并让他继续镇守宁国。不知道是因为对朱元璋没有信心，还是朱亮祖自感没有受到重用，他效力了几个月后，寸功未立，就反叛了朱元璋，又投靠了元军。
不仅如此，朱亮祖还经常在朱元璋背后偷袭，占了不少便宜。但朱元璋此时正忙于与张士诚在江南抢夺地盘，没有空理会他。一年后，腾出手来的朱元璋命令徐达带领常遇春组成的豪华阵容去讨伐朱亮祖。
谁知道，此时的朱亮祖却如同一块难啃的硬骨头。常遇春与他对垒，竟然被刺中大腿，如果不是赵德胜、郭英的拼死相救，常遇春肯定要死在这场战斗之中。后来无论徐达怎么指挥，都讨不了朱亮祖半点便宜，只好回禀朱元璋。
朱元璋亲自到来之后，利用朱亮祖连战连捷产生的骄傲心理，以车轮战的计谋，才把朱亮祖再次擒获。朱元璋叹息他：真乃当世吕奉先也！这句话恐怕一半是夸他勇猛无双，一半是损他反复无常。但朱亮祖却毫无惧色："你要杀便杀了，如果不杀我，我今后尽心竭力为你效力就是了。"
