不过建文帝这个人心慈手软，建文元年（1399年）4月份是明太祖忌日，朱棣让自己的三个儿子（朱高炽、朱高煦、朱高燧）入京祭祖。在当时徐辉祖已经察觉到了燕王图谋不轨，恐怕会谋反篡位，于是进言希望能够将他们抓起来，让朱棣不敢轻易动手。可惜的是，朱允炆却听信了文官的道德说辞，认为这样做有违伦理，是个不明智的行为，所以放走了他们，在日后追悔莫及。
建文帝朱允炆是个不善用人的皇帝，被朝廷的一帮文官左右了意见，没有主见。在靖难之役彻底爆发的时候他让徐辉祖跟随长兴侯耿炳文一起去对抗燕军，因为长途跋涉连日操劳，初次碰面的时候就打了败仗，这个时候朝廷文官以为耿炳文没有能力，于是建议更换大将为曹国公李景隆，可是这个李景隆压根不会带兵打仗，就是去给燕军送人头的。
