1880年3月，日本正式向清政府提出"分岛、改约"案，即琉球群岛的北部和中部岛屿属日本管理；琉球群岛的南部诸岛如宫古岛、八重山，则归清政府管辖。作为交换条件，中国应修改日清通商条约，允日享有最惠国待遇。据此，清政府总理衙门大臣沈桂芬等人与日方代表进行商谈，1880年10月28日草签了《琉球条约》及《酌加条款》。琉球王国官员再三诉愿表示二岛土地贫瘠，无法生存，万不可接受。林世功也在北京总理衙门前自杀表示抗议。林世功自杀后，清政府拒绝在谈判条约上签字，协商破裂。
1882年，日本驻天津领事竹添进一郎与清政府恢复琉球谈判问题，但是没有达成协议。
1894-1895年，中日甲午战争后，中国作为战败国割让台湾、澎湖，在琉球群岛问题上就更没有发言权。
1898年，日本强迫琉球人服兵役。
1901年，琉球最后一位国王尚泰去世。
