882年，朱温见农民军处境困难，就叛变投降了唐军，对于"有奶便是娘"的朱温来说，黄巢的恩典和信任此时连鸡肋也不如了，被他毫不可惜地丢在了屁股后边。
朱温一旦变脸，就成了起义军的死敌，黄巢腹背受敌，一败涂地，退出长安后便一蹶不振了。唐僖宗大喜过望，除了高官厚禄，还给了朱温一个莫大的荣誉：赐名"朱全忠"，之后的历史证明这个莫大荣誉其实正是莫大的讽刺，因为朱温既不忠于大齐金统皇帝黄巢，也从来没有忠于大唐天子，可以说是个"全不忠"。
公元883年，朱温与李克用等人联合镇压了黄巢起义，并被提升为检校司徒，同中书门下平章事，相当于宰相之职。
此后，他以河南为中心，扩张势力，和李克用父子等人长年混战，致使黄河中下游地区的社会经济遭受严重破坏。混战中，他先后吞并了秦宗权、朱埴、朱瑾等藩镇，成为天下藩镇中实力最强的一位。
