石达开既不愿消极待毙，又不愿犯上作乱、自成天国之主，最终作出了离京远征、另开新局的第三种选择。
1857年6月，石达开率20万精锐之众离开天京，先后辗转于江西、浙江、福建、湖南之间，1859年7月又回师广西，进入云南、贵州，在西南多民族地区艰苦征战四年，完全脱离了太平天国主战场。
这期间，石达开与清军作战数百次，都是且败且走，疲于奔命，与之前百战百胜，要风得风，要雨得雨的威势形成了鲜明对照。
究其原因，主要是没能建立稳固的根据地，失去了战争的主动权，陷入了旧式农民起义流寇主义的陈套中。
曾国藩对石达开的流寇主义行为加额称庆，预见其不日必败，兴高采烈地称："石贼既钝于浙、钝于闽，入湘后又钝于永祁，钝于宝庆，裹助之人愿从者渐少。且无老巢以为粮台，粮米须掳，子药须搬，行且自疲于山谷之间。"
