经过李毓昌的私下查证，搜集了所有当地官员贪污受贿的证据。正当李毓昌准备返回京城时，王申汉等人买通了李毓昌的家奴护卫三人，这三人在李毓昌的饭食中投下了剧毒将其杀害。之后伪造了李毓昌自缢身亡的现场。
当李毓昌的夫人看到丈夫的遗体时，从其遗物中看到了王申汉等人的贪污证据，所以推测丈夫死因不简单。经过仵作查证，李毓昌死因真相大白，嘉庆因此盛怒，下令追查此事。
案件水落石出之后，嘉庆亲自批示处死当地所有贪官污吏，将其抛心挖肺祭奠李毓昌在天之灵，之后也将这些刁奴全部凌迟处死。这件事发生之后两江总督铁保、江苏巡抚汪日章因为失职革职流放新疆。从这件事情上我们也可以看到朝廷对于钦差大臣的重视，一旦有人暗杀钦差大臣，那造成的结果是非常严重的。
当然如果暗杀钦差大臣背后的势力庞大，能够公然抗衡皇权的话，只需要替罪羊即可。比如张文祥刺马案，这件事发生之后，由于其背后势力的阻挡，所以仅有一个张文祥落案，最终结果只有张文祥被抛心挖肺祭奠马新怡。
