后来光绪帝想要进行维新变法，却遭到了以慈禧为主的保守党的坚决反对。作为思想先进的珍妃，非常支持光绪的改革。新老思想的激烈冲撞，加上宫中女人的勾心斗角，终于导致矛盾无法化解。
慈禧对珍妃的不满越积越多，最后终于到了忍无可忍的地步，就想借口除掉珍妃。后来正好赶上八国联军入侵，便随便找个借口命令珍妃自杀。珍妃不肯自杀，最后被下人强行给投到井里去了，死的时候年仅24岁。作为皇帝的爱妃，年纪轻轻就香消玉损，真是可怜。
光绪一生都限制于慈禧，珍妃被害得时候光绪跪在慈禧面前苦苦哀求，但是换来的却是慈禧冰冷坚决的态度。连自己的老婆都保护不了，做皇帝做到这个份儿上，真是可悲可怜。
八国联军撤出北京以后，慈禧和光绪又重新回到了紫禁城。相传这个时候慈禧经常做噩梦，梦到珍妃向她索命。为了消减自己内心的恐惧，慈禧故意装出一副洪恩浩荡的模样，命人打捞珍妃的尸体，批准珍妃的加人前来收尸。
珍妃的尸体被打捞上来的时候，早就没了人形。一个小太监从珍妃身上带回来一个小物件交给光绪，竟是一个小娃娃。原来这是珍妃刚怀孕的时候，光绪送给珍妃的。珍妃当初坚决不肯投井，也是想要保存光绪的骨血。没想到一尸两命，光绪帝不禁立刻号啕大哭起来。
