到了安全地带之后，王朗对虞翻进行了一番感谢，就让他又返回会稽去了（卿有老母，可以还矣）。孙策敬重虞翻的为人，继续任命他为功曹（策复命为功曹），对他犹如朋友一样，多次到其家中拜访。在之后的交往中，虞翻多次向孙策献计、进谏，深受孙策的信任和重用，后将富春县交给他治理。
孙策去世时，县中受过恩遇的各级官吏，都想前往吴郡吊唁，却被虞翻阻止了。他说：“我们都去吊唁，县中空虚，万一山越贼寇或者奸人趁机作乱（恐邻县山民或有奸变），必然会招致不测（必致不虞）。”众人一听觉得有道理，于是都留在各自的任所穿着丧服以示哀悼。正是虞翻在孙策举丧期间开了一个好头，其他各县也都纷纷效仿，才使得诸县境内都很安定，也使得孙暠的计划最终落空了。
据《会稽典录》中的记载：虞翻义正言辞的对孙暠说：“主公英年早逝，理应有其弟孙权统事。现在城中有重兵把守（婴城固守），我等同郡吏士准备以命相搏（必欲出一旦之命），为新主公除害（为孝廉除害），你自己权衡其中的利害吧（惟执事图之）。”孙暠思虑再三，最后只得退兵。
