《皇明祖训》还对亲王的人事权力、司法权力予以削减：
凡王国文官，朝廷精选赴王国任用。武官已有世袭定制。如或文武官犯法，王能依律剖判者听，法司毋得吹毛求疵，改王决治。其文武官，有能守正规谏，助王保全其国者，毋得轻意凌辱。朝廷闻之，亦以礼待。
凡王所居国城，及境内市井、乡村、军民人等，敢有侮慢王者，王即拿赴京来，审问情由明白，然后治罪。
《祖训录》的"从王区处"被改为"王即拿赴京来"，"违犯及侮慢"改为"侮慢"，可见藩王司法权的削弱。
此外，诸王失去对本府文官的任用权，只可任用武官。到朱允炆即位，遂发展为"建文元年二月己酉，令亲王不得节制文武官。"《祖训录》和《皇明祖训》也都规定，藩王不得"延揽交接奔竞佞巧智谋之士"，提防藩王坐大。
