后来又是朱元璋推翻了蒙古人，但是由于漠北一直被残元的势力所割据，在明朝绝大部分时期，贝加尔湖被瓦剌所控制，就是那么造成了土木堡之变的瓦剌。直到清朝以满蒙联盟为基础入主中原，贝加尔湖才第三次再一次回到了中央政府的管辖之下。
通过这些史料的记载，我们知道贝加尔湖在历史上，其实很少直接收到中央政府的管辖，这一方面是因为贝加尔湖离我们传统的政治核心区很远，在我们看来都是边远的不毛之地，另一方面也是因为贝加尔湖当时的战略地位，并没有像现在一样明显。
所以这也是康熙皇帝和雍正皇帝放弃贝加尔湖的一个重要原因。因为驻守和收益并不是成比例，很多人看来，便就是空耗国财。
清代关于贝加尔湖的归属条约，主要是有三条。我们也可以从中发现我们的北方邻居对我们的领土一直以来抱有的贪婪的征服欲。
第一个是著名的《尼布楚条约》。
为了保住满族人在东北的利益，同时为了遏制俄国人在东亚进一步扩张的野心，康熙皇帝在雅克萨之战获胜的情况下签订了《尼布楚条约》，以此来规定清俄东部的边界线。在条约中规定，从黑龙江支流格尔必齐河到外兴安岭、直到海，岭南属于中国，岭北属于俄罗斯。西以额尔古纳河为界，南属中国，北属俄国。
但是康熙皇帝其实当时是想把所有的边界都划定的，就包括现在的贝加尔湖。但是这个地区当时属于喀尔喀蒙古，也就是清朝的盟友。
