1992年4月6日，欧洲共同体（欧盟前身）承认波黑独立。当日，波黑境内5个塞尔维亚人自治区宣布联合成立塞族共和国，独立于波黑之外，但依然留在南斯拉夫社会主义联邦共和国之内，该行动招致波黑政府镇压，驻扎在波黑境内的南斯拉夫人民军亦遭到波族和克族武装部队攻击。
同年4月7日，南斯拉夫人民军出动飞机轰炸了克罗地亚族武装力量的弹药库，武装冲突骤然升级。冲突由首都萨拉热窝向外蔓延，酿成全面内战，即“波黑战争”。
战争中，塞族一度取得军事优势，到1993年底，占波黑人口31.4%的塞族控制全国约70%的领土，占波黑人口17.3%的克族控制约20%的领土，而占波黑人口43.7%的波族只控制约10%的领土。
1994年初，北约开始介入波黑战争，先是对塞族进行军事威胁，后升级到实施有限空中打击。随着联合国安理会正式授权北约开始空袭，塞族部队逐渐丧失战场优势。
与此同时，一度陷入互相攻击状态的波族与克族再次结成同盟，共同向塞族进攻，战争局势发生改变。
在时任美国总统克林顿总统开展的调停行动下，三族部队一度临时停战。1995年9月下旬，由于塞族部队完全丧失优势，被迫同意由南联盟代表其参加由美国主持的波黑和谈。
1995年，波黑首都萨拉热窝 资料图
1995年11月21日，南联盟塞尔维亚、波黑、克罗地亚三国总统在美国俄亥俄州代顿市达成《波黑和平框架协议》，后称《代顿和平协议》，并于1995年12月14日在法国巴黎正式签署。
协议规定，波黑继续作为统一的主权国家存在，由波黑联邦和塞族共和国两个实体组成，波黑联邦控制51%领土，塞族控制49%，拥有各自首都、政府、国旗、国徽、总统、议会等。
该协议附件四即为波黑现行宪法，其中规定，波黑国家元首为“波黑主席团”，由波黑联邦选出代表波族、克族的各一人，塞族共和国选出代表塞族的一人，3人在4年任期里以9个月为周期进行轮值。
