印度海军的组织结构稍微简单点，位于孟买的西方舰队司令部负责阿拉伯海和西印度洋，位于维萨卡帕特南的东方舰队司令部负责孟加拉湾、安达曼海和东印度洋，位于科钦的南方司令部负责训练。
印度陆军的军区是以作战任务划分的。理论上，整个巴基斯坦战线都应该划入统一的战区司令部，但拉贾斯坦是印巴战争的主要战场，德里是首善之地，克什米尔和拉达克态势复杂，这里分别划入西南、西方和北方军区，以“加强领导”。地形的迥异也加强了这样划分的理由。拉贾斯坦是平坦的沙漠，德里到旁遮普是富庶的平原，拉达克和克什米尔则是高峻的雪山，部队配置、战术、补给都截然不同，划入不同军区便于管理。
但空军没有地形限制，这样碎片化的划分毫无道理，索性撤销北方司令部。但德里到伊斯兰堡走廊是印巴之间的“生命走廊”，需要重点把守，单独设立西方司令部是必要的，何况还监管克什米尔、拉达克。西南司令部面对巴基斯坦中部到南方，但孟买到浦奈已经很近了，把这段海岸防空一起管起来，便于战斗管理。南方其余部分和东方的划分与陆军没有太大的差别。
问题是，空军这样的划分与陆军不重合，极大地加剧了跨军种协同作战的难度，而印度跨军种作战本来就是个大难题，不仅有1971年印巴战争中因为没觉得空中有什么事，而陆军一度“忘了”招呼空军参战的事情，还有1999年空军因为高原飞行困难而一度“婉拒”陆军要求支援的事情。
1971年印巴战争中的印度海空军。来源：印度国防评论
印度海军倒不是大问题，反正井水不犯河水，基本上不和陆空军协同。
这样的碎片化架构和印度的法律文本主义、文官治国、行政独立揉在一起，问题就大了。
有了法律文本的保障，高级指挥官更像私募军队的军阀，而不是国家军事力量的成员，军中山头主义、官僚主义盛行。
印度式的行政独立也来添乱。既然可以自己解释什么才是对宪法效忠，下克上就不是抗命或者自行其是，而是最高形式的对宪法效忠。宪法规定保卫国家领土完整是军人的最高责任，那不管政府与高级军官是否在与中国谈判边境事宜，自己带人摸到实控线，想偷鸡摸狗造成既成事实，岂不是最大的忠于宪法？
