因此，清算张居正，最主要的策动者，就是万历神宗皇帝。张居正"当国"十年，正是神宗皇帝年幼之时。张居正是有"震主之威"的。其所揽之权，当然是神宗的大权，张居正效忠国事，独握大权，在神宗的心里，便是一种"蔑视主上"。
据说，神宗清算张居正，首先是一种强烈的逆反心理。张居正是神宗皇帝的老师，从小，神宗就受到张居正的严格管束。实际上，神宗看到张居正是非常害怕，即使在他即位以后，做了皇帝，也从心底里惧怕张居正。当时，太监冯保受命照料神宗的生活，如果神宗不听话，冯保便会去报告慈圣太后，慈圣常说一句话，"要是张先生知道了，你怎么办？"可见，神宗皇帝惧怕张居正的程度。
其次，作为首辅之人，张居正却摆不正自己的位置。皇帝的事情，他都是要管的。比如，万历七年，神宗向户部索求十万金，以备光禄寺御膳之用，张居正居然上疏说，户部收支已经入不敷用，"目前支持已觉费力，一旦有四方水旱之灾，疆场意外之变，何以给之？"他甚至要求神宗节省"一切无益之费"，其结果，不仅免除了十万两银子的开支，连宫中的上元节灯火、花灯费也被废止了。
