本来他和皇帝就有矛盾，现在这样矛盾被激化了，再加上朝廷当中有一些宦官也随着谣言在皇帝耳边吹风，就这样他的部队被孤立了。后来他就带着祖大寿去面见皇上，可是没想到刚到宫里，袁崇焕就被抓了。祖大寿也是非的害怕，马上逃到了辽东。
没有了统帅的带领，皇太极很快就取得了成功，而这时袁崇焕才知道自己中计了，马上让自己的手下祖大寿回来。可是他害怕自己什么都没有，会被皇帝抓了，所以他只能待在原地什么都没有做。
后来这样的事情让对手知道了，皇太极是一个很聪明的人，他也懂得使用计谋，所以他当时就想办法，想要招降祖大寿。毕竟对方是一个可用的人才，可是无论他怎么劝，都不管用。之后皇太极就把他所在的城池围困起来，断了粮草，因为城中既有军队也有百姓，所以很快粮草就没了，没有办法只能把战马杀了吃肉。
再之后没有粮草，马也杀完了，就开始杀老弱病残。就这样又坚持了三个多月，结果仍然没有坚守住，没有办法祖大寿实在坚持不下去了，才决定开城准备投降。皇太极也没有为难这些人，当时他正在收复明朝的旧将，而他对祖大寿也是非常喜欢，还给了他很多的封赏。
